pymodulon
stable
Tutorials
1. Introduction to the
IcaData
object
2. Plotting Functions
3. Inferring iModulon activities for new data
4. Gene enrichment analysis
5. Searching for motifs
6. iModulon Thresholds
7. Comparing iModulons
8. Creating the Gene Table
9. Additional Functions
10. Creating an iModulonDB Dashboard
Additional Resources
API Reference
Works Cited
pymodulon
»
Index
Edit on GitHub
Index
_
|
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
I
|
L
|
M
|
N
|
P
|
Q
|
R
|
S
|
T
|
U
|
V
|
X
_
__repr__() (pymodulon.core.MotifInfo method)
__version__ (in module pymodulon)
_adj_r2() (in module pymodulon.plotting)
_all_clear() (in module pymodulon.compare)
_broken_line() (in module pymodulon.plotting)
_check_dict() (in module pymodulon.util)
_check_table() (in module pymodulon.util)
_check_table_helper() (in module pymodulon.util)
_component_DF() (in module pymodulon.imodulondb)
_data_dir (in module pymodulon.example_data)
_ecoli_dir (in module pymodulon.example_data)
_encode_metadata() (in module pymodulon.plotting)
_fit_line() (in module pymodulon.plotting)
_gene_color_dict() (in module pymodulon.imodulondb)
_get_attr() (in module pymodulon.gene_util)
_get_fit() (in module pymodulon.plotting)
_get_gene_lens() (in module pymodulon.compare)
_get_labels_from_tree() (in module pymodulon.plotting)
_get_orthologous_imodulons() (in module pymodulon.compare)
_get_reg_genes() (in module pymodulon.imodulondb)
_get_sample_leaves() (in module pymodulon.plotting)
_get_upstream_seqs() (in module pymodulon.motif)
_kmeans_cluster() (pymodulon.core.IcaData method)
_make_dot_graph() (in module pymodulon.compare)
_mod_freedman_diaconis() (in module pymodulon.plotting)
_optimize_dagostino_cutoff() (pymodulon.core.IcaData method)
_parse_meme() (in module pymodulon.motif)
_parse_regulon_string() (in module pymodulon.imodulondb)
_parse_sample() (in module pymodulon.util)
_parse_tomtom() (in module pymodulon.motif)
_run_blastp() (in module pymodulon.compare)
_same_output() (in module pymodulon.compare)
_set_xaxis() (in module pymodulon.plotting)
_solid_line() (in module pymodulon.plotting)
_sort_tf_strings() (in module pymodulon.imodulondb)
_tf_combo_string() (in module pymodulon.imodulondb)
_train_classifier() (in module pymodulon.plotting)
_update_imodulon_names() (pymodulon.core.IcaData method)
_update_imodulon_table() (pymodulon.core.IcaData method)
_update_thresholds() (pymodulon.core.IcaData method)
A
A (in module pymodulon.example_data)
A() (pymodulon.core.IcaData property)
add_noise() (in module pymodulon.util)
avgdigamma() (in module pymodulon.util)
B
barplot() (in module pymodulon.plotting)
build_tree() (in module pymodulon.util)
C
change_threshold() (pymodulon.core.IcaData method)
cluster_activities() (in module pymodulon.plotting)
cmd() (pymodulon.core.MotifInfo property)
cog2str() (in module pymodulon.gene_util)
compare_activities() (in module pymodulon.plotting)
compare_expression() (in module pymodulon.plotting)
compare_gene_weights() (in module pymodulon.plotting)
compare_ica() (in module pymodulon.compare)
compare_imodulons_vs_regulons() (in module pymodulon.plotting)
compare_motifs() (in module pymodulon.motif)
compute_annotation_enrichment() (in module pymodulon.enrichment)
(pymodulon.core.IcaData method)
compute_enrichment() (in module pymodulon.enrichment)
compute_kmeans_thresholds() (pymodulon.core.IcaData method)
compute_regulon_enrichment() (in module pymodulon.enrichment)
(pymodulon.core.IcaData method)
compute_threshold() (in module pymodulon.util)
compute_trn_enrichment() (in module pymodulon.enrichment)
(pymodulon.core.IcaData method)
contingency() (in module pymodulon.enrichment)
convert_gene_index() (in module pymodulon.compare)
copy() (pymodulon.core.IcaData method)
count_neighbors() (in module pymodulon.util)
cutoff_optimized() (pymodulon.core.IcaData property)
D
dagostino_cutoff() (pymodulon.core.IcaData property)
dima() (in module pymodulon.util)
E
ecoli_biocyc (in module pymodulon.example_data)
ecoli_eggnog (in module pymodulon.example_data)
ecoli_fasta (in module pymodulon.example_data)
ecoli_gff (in module pymodulon.example_data)
ecoli_go_example (in module pymodulon.example_data)
entropy() (in module pymodulon.util)
explained_variance() (in module pymodulon.util)
F
FDR() (in module pymodulon.enrichment)
file() (pymodulon.core.MotifInfo property)
find_motifs() (in module pymodulon.motif)
find_single_gene_imodulons() (pymodulon.core.IcaData method)
G
gene_links() (pymodulon.core.IcaData property)
gene_names() (pymodulon.core.IcaData property)
gene_table (in module pymodulon.example_data)
gene_table() (pymodulon.core.IcaData property)
generate_n_replicates_column() (in module pymodulon.imodulondb)
get_bbh() (in module pymodulon.compare)
get_tfs_to_scatter() (in module pymodulon.imodulondb)
gff2pandas() (in module pymodulon.gene_util)
I
IcaData (class in pymodulon.core)
imdb_activity_bar_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_dataset_table() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_activity_bar_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_basics_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_hist_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_im_table_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_presence() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_scatter_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_gene_table_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_generate_gene_files() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_generate_im_files() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_iM_table() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_imodulon_basics_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_regulon_scatter_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imdb_regulon_venn_df() (in module pymodulon.imodulondb)
imodulon_names() (pymodulon.core.IcaData property)
imodulon_table (in module pymodulon.example_data)
imodulon_table() (pymodulon.core.IcaData property)
imodulondb_compatibility() (in module pymodulon.imodulondb)
imodulondb_export() (in module pymodulon.imodulondb)
imodulondb_main_site_files() (in module pymodulon.imodulondb)
imodulondb_table() (pymodulon.core.IcaData property)
imodulons_with() (pymodulon.core.IcaData method)
infer_activities() (in module pymodulon.util)
L
lnc_correction() (in module pymodulon.util)
load_bsub_data() (in module pymodulon.example_data)
load_ecoli_data() (in module pymodulon.example_data)
load_example_bbh() (in module pymodulon.example_data)
load_example_log_tpm() (in module pymodulon.example_data)
load_json_model() (in module pymodulon.io)
load_staph_data() (in module pymodulon.example_data)
log_tpm() (pymodulon.core.IcaData property)
M
M (in module pymodulon.example_data)
M() (pymodulon.core.IcaData property)
M_binarized() (pymodulon.core.IcaData property)
make_gene_directory() (in module pymodulon.imodulondb)
make_im_directory() (in module pymodulon.imodulondb)
make_prot_db() (in module pymodulon.compare)
make_prots() (in module pymodulon.compare)
matches() (pymodulon.core.MotifInfo property)
metadata_boxplot() (in module pymodulon.plotting)
mi() (in module pymodulon.util)
module
pymodulon
pymodulon.compare
pymodulon.core
pymodulon.enrichment
pymodulon.example_data
pymodulon.gene_util
pymodulon.imodulondb
pymodulon.io
pymodulon.motif
pymodulon.plotting
pymodulon.util
motif_info() (pymodulon.core.IcaData property)
MotifInfo (class in pymodulon.core)
motifs() (pymodulon.core.MotifInfo property)
mutual_info_distance() (in module pymodulon.util)
N
name2num() (pymodulon.core.IcaData method)
num2name() (pymodulon.core.IcaData method)
P
parse_regulon_str() (in module pymodulon.enrichment)
parse_tf_string() (in module pymodulon.imodulondb)
plot_activities() (in module pymodulon.plotting)
plot_dima() (in module pymodulon.plotting)
plot_explained_variance() (in module pymodulon.plotting)
plot_expression() (in module pymodulon.plotting)
plot_gene_weights() (in module pymodulon.plotting)
plot_metadata() (in module pymodulon.plotting)
plot_regulon_histogram() (in module pymodulon.plotting)
pymodulon
module
pymodulon.compare
module
pymodulon.core
module
pymodulon.enrichment
module
pymodulon.example_data
module
pymodulon.gene_util
module
pymodulon.imodulondb
module
pymodulon.io
module
pymodulon.motif
module
pymodulon.plotting
module
pymodulon.util
module
Q
query_neighbors() (in module pymodulon.util)
R
recompute_thresholds() (pymodulon.core.IcaData method)
reformat_biocyc_tu() (in module pymodulon.gene_util)
rename_imodulons() (pymodulon.core.IcaData method)
reoptimize_thresholds() (pymodulon.core.IcaData method)
S
sample_names() (pymodulon.core.IcaData property)
sample_table (in module pymodulon.example_data)
sample_table() (pymodulon.core.IcaData property)
save_to_json() (in module pymodulon.io)
scatterplot() (in module pymodulon.plotting)
sites() (pymodulon.core.MotifInfo property)
T
tf_links() (pymodulon.core.IcaData property)
tf_with_links() (in module pymodulon.imodulondb)
tf_with_links_brackets() (in module pymodulon.imodulondb)
thresholds() (pymodulon.core.IcaData property)
trn (in module pymodulon.example_data)
trn() (pymodulon.core.IcaData property)
U
uniprot_id_mapping() (in module pymodulon.gene_util)
V
view_imodulon() (pymodulon.core.IcaData method)
X
X (in module pymodulon.example_data)
X() (pymodulon.core.IcaData property)
Read the Docs
v: stable
Versions
latest
stable
Downloads
html
On Read the Docs
Project Home
Builds